経営力向上計画の認定を受けた事業者は優遇された税制措置を受けることができます。
この税制措置の中で、「中小企業経営強化税制」はよく知られていますが、その他にも中小企業にとって、有用な特例制度はあります。
そこで今回は、経営力向上計画を活用した「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」について、「制度概要」や「節税効果」、「適用を受けるための手続き」等について分かりやすく解説します。
Table of Contents
経営力向上計画とは？
始めに、経営力向上計画に関して、「概要」や「申請対象者」、「税制措置」について確認します。
(1)経営力向上計画の概要
「経営力向上計画」は、中小企業等経営強化法に基づき、人材の育成や、コスト管理等のマネジメントの向上、設備投資など、自社の経営力を高めるために実施する計画のことを言います。
この経営力向上計画を事前に認定された事業者は、次の３つの優遇措置や支援を受けることができます。
| ✓税制措置
✓金融支援 ✓法的支援 |
また、計画の立案や申請にあたっては、経営革新等支援機関のサポートを受けることができ、専門家の支援を受けることで、より現実的かつ効果的な計画を作成することが可能となります。
(2)申請対象者とは？
経営力向上計画の認定を受けることができる申請対象者は、次の通りです。
「従業員数が2,000人以下」の次の事業者
| ✓会社または個人事業主
✓医業、歯科医業を主たる事業とする法人（医療法人等） ✓社会福祉法人 ✓特定非営利活動法人 |
また、この他にも、企業組合、協業組合、事業協同組合、事業協同小組合、商工組合、協同組合連合会、その他政令で定める組合も対象となります。
なお、受ける支援措置によって、対象となる規模要件は異なることから、支援措置の検討にあたっては、中小企業庁のサイトにある次の手引きをご確認ください。
中小企業等経営強化法に基づく支援措置活用の手引き
(3)経営力向上計画の税制措置
経営力向上計画の認定を受けた事業者が受けられる優遇措置や支援の１つである税制措置について、具体的には、次の通り、法人税や不動産取得税等の３つの措置を受けることができます。
| ✓認定計画に基づき取得した一定の設備に係る法人税等の特例（中小企業経営強化税制）
✓認定計画に基づき行った事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例 ✓認定計画に基づき行った事業承継等に係る準備金の積立・損金算入の措置 |
以下では、この中の「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」について、詳細を確認します。
なお、取得した一定の設備に係る法人税等の特例（中小企業経営強化税制）については、以下の記事をご参照ください。
「中小企業経営強化税制の概要」と「即時償却と税額控除の比較」を詳しく解説！
また、事業承継等に係る準備金の積立・損金算入の措置については、以下の記事をご参照ください。
経営力向上計画を活用した中小企業事業再編投資損失準備金とは？（中小企業のM＆Ａを促進）
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例とは？
ここでは、「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」に関して、「制度概要」や「対象となる中小企業者等」、「適用期間」、「対象となる行為」、「軽減内容」等を確認します。
(1)「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」の制度概要
「事業承継等に係る登録免許税、不動産取得税の特例」とは、中小企業者等が、適用期間内に中小企業等経営強化法の認定を受けた経営力向上計画に基づき、合併、会社分割又は事業譲渡を通じて他の事業者から不動産を含む事業用資産を取得する場合、不動産の権利移転について生じる登録免許税及び不動産取得税の軽減を受けることが出来る税制優遇の制度です。
軽減措置の内容として、登録免許税の税率は最大で1.6%も低くなり、不動産取得税は課税標準額の６分の１相当額を控除することができます。（詳細は後述）
(2)対象となる中小企業者等とは？
対象となる企業は、青色申告を提出する次のような中小企業者等になります。
| ✓資本金又は出資の額が１億円以下の法人
✓資本金又は出資金を有しない法人のうち常時使用する従業員数が1,000人以下の法人 ✓常時使用する従業員数が1,000人以下の個人 |
但し、以下の法人は除かれています。
| イ．その発行済株式又は出資(自己の株式又は出資を除きます。)の総数又は総額の２分の１以上を同一の大規模法人（※）に所有されている法人
ロ．上記イ．のほかその発行済株式又は出資の総数又は総額の３分の２以上を複数の大規模法人に所有されている法人 |
※ 大規模法人とは、次に掲げる法人をいい、中小企業投資育成株式会社を除きます。
①資本金の額又は出資金の額が１億円を超える法人
②資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
③大法人(下記イロハに掲げる法人)との間にその大法人による完全支配関係がある法人
イ 資本金の額又は出資金の額が５億円以上の法人
ロ 相互会社及び外国相互会社のうち、常時使用する従業員の数が1,000人を超える法人
ハ 受託法人
(3)適用期間は？
事業承継等に係る登録免許税、不動産取得税の特例の適用を受けるためには、平成30年7月9日から令和6年3月31日までの期間に中小企業等経営強化法の認定を受ける必要があります。
(4)対象となる行為は？
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例の適用を受けることが出来る行為は、「合併」または「会社分割」、「事業譲渡」などの組織再編等です。
また、後継者不在により事業の継続が困難となっている事業者から土地や建物を含む事業上の権利義務を取得するための行為であって、事業の承継を伴うものである必要があります。
認定時の審査基準としては、承継させる側である現任経営者の年齢が、認定申請時点において60歳以上であれば、それをもって要件を満たすものとして取り扱うこととなります。
一方で、現任経営者の年齢が認定申請時点において60歳未満であれば、経営者の健康状態等の事由に基づき、将来にわたり経営に十分な能力を維持することが困難と見込まれることを書面により示し、それが合理的と認められる場合に要件を満たすものとして取り扱うこととなります。
詳細は、「経営力向上計画 策定の手引き」のＰ21 (17)～(19)をご参照ください。
(5)登録免許税・不動産取得税の軽減内容とは？
認定計画に基づき、合併、会社分割又は事業譲渡を行って、土地・建物を取得する場合には、登録免許税及び不動産取得税に対して、以下の通り、軽減措置を受けることができます。
①登録免許税の軽減
登録免許税とは、登記手続きを申請する際に課税される税金で、不動産や船舶、航空機、会社、人の資格等についての登記や登録、特許、免許、許可、認可、認定、指定、技能証明などについて課されるものです。
認定計画に基づき、合併、会社分割又は事業譲渡を行った際の土地・建物の移転登記に課される登録免許税については、下表のように軽減措置を受けることができます。
＜登録免許税の軽減＞
| 登記の種類 | 通常の税率 | 計画認定による税率 |
| 事業譲渡による移転登記 | ２．０％ ※ | １．６％ |
| 合併による移転登記 | ０．４％ | ０．２％ |
| 分割による移転登記 | ２．０％ | ０．４％ |
※ 事業譲渡による土地の移転登記については、令和8年3月31日までの間、通常は1.5%に軽減されています
②不動産取得税の軽減
不動産取得税とは、新築・増築・改築などを問わず、土地や家屋の購入、贈与、交換などで不動産を取得した際に課税される税金です。
認定計画に基づき、事業譲渡を行った場合に課される不動産取得税については、下表のように軽減措置を受けることができます。
なお、合併や一定の会社分割の場合の不動産取得税は、非課税のため、基本的にこの特例が使えるのは「事業譲渡」の場合となります。
＜不動産取得税の軽減＞
| 取得する不動産の種類 | 通常の税額 | 計画認定による控除 |
| 土地・住宅 | 不動産の価格 × 3.0% | 不動産の価格の1/6相当額を課税標準から控除 |
| 住宅以外の家屋 | 不動産の価格 × 4.0% |
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例の節税効果
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例を活用することで節税できる金額について、事例を確認します。
＜事例＞
| ✓事業承継に際して、M＆Aで金属加工事業を取得した
✓M＆Aで譲り受けた事業資産の中に含まれていた建物の価額は３億円であった |
＜登録免許税＞
| ✓通常：３億円 × ２％ = 600万円
✓特例：３億円 × 1.6％ = 480万円 ✓節税：600万円 – 480万円 = 120万円 |
＜不動産取得税＞
| ✓通常：３億円 × 4.0％ = 1,200万円
✓特例：(３億円-３億円 × １/６ ) × 4.0％ = 1,000万円 ✓節税：1,200万円 – 1,000万円 = 200万円 |
上記ように、譲り受けた事業資産の中に含まれていた建物の価額が３億円であった場合には、特例を活用することで320万円（120万円+200万円）も節税することができます。
この特例に関しては、M＆Ａ（事業譲渡）の対象事業の中に、工場や倉庫、店舗などの大きな建物がある場合、特に有用な特例制度となっています。
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例を受けるための手続き
事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例の適用を受けるためには、以下の通り、計画認定から申告手続きまで、手順を踏む必要があります。
(1)計画認定
合併・会社分割・事業譲渡によって、土地や建物を取得することを内容にした経営力向上計画を策定し、認定を受ける必要があります。
登録免許税の軽減措置を受ける場合には、適用証明申請書を計画認定の省庁に２部提出し、軽減措置の対象であることを示す適用証明書を受け取る必要があります。
また、不動産取得税の軽減措置を受ける場合には、取得する土地や建物が所在する都道府県に適用証明申請書を提出します。
なお、申請書の提出にあたっては、事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例の適用を受けたい旨を事前に省庁や都道府県に相談することをお勧めします。
(2)合併等の実行、土地・建物の権利移転登記手続き
認定計画の内容に従って合併、会社分割又は事業譲渡を実行した後、土地・建物の権利移転に係る移転登記手続を法務局に申請します。登録免許税の軽減措置を受ける場合には、この申請の際に適用証明書を添付することで、申請時に納付すべき登録免許税が軽減されます。
ただし、登録免許税の軽減措置を受けるためには、計画認定の日から１年以内に移転登記手続きを完了しなければならないため注意が必要です。
(3)不動産取得税の申告・納税
不動産取得税の軽減措置を受ける場合には、不動産の取得に係る申告の際に、認定書の写しを添付して申告をします。
その後、都道府県から送付される納税通知書に従って、軽減された税額を支払います。
まとめ
以上今回は、経営力向上計画を活用した「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」について、「制度概要」や「節税効果」、「適用を受けるための手続き」等について分かりやすく解説いたしました。
経営力向上計画の認定を受けた事業者が受けることができる税制措置の１つに「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例」があります。
経営力向上計画を活用した制度としては、あまり知られていない特例制度ですが、事業承継の際のM＆Ａ等で土地や建物を取得する場合には、登録免許税と不動産取得税を大きく節税することが可能です。
ただし、特例の適用にあたっては、適用可否の判断や細かな手続きが必要となるため、事前に経営革新等支援機関や税理士などの専門家にご相談されることをお勧めします。
「江東区・中央区（日本橋）・千葉県（船橋）」を拠点とする保田会計グループでは、経営革新等支援機関として、「経営力向上計画の申請支援」や「事業承継等に係る登録免許税・不動産取得税の特例適用支援」を行っております。
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