中小企業経営者にとって、地方税の納付業務は負担の大きい手続きの一つです。特に毎月のように発生する特別徴収した住民税や期末の法人住民税・事業税の納付を、正確かつ効率的に行うことは、経理担当者にとっても重要な課題です。そこで活用したいのが、eLTAXを通じた「ダイレクト納付」の仕組みです。

 

そこで、今回の記事では、「ダイレクト納付の仕組み」や、「口座の具体的な登録方法」、「他の納付方法との比較」などをわかりやすく解説します。

 

 

1．eLTAXとダイレクト納付とは？

はじめに、「eLTAX」や「ダイレクト納付の仕組み」、「ダイレクト納付が選ばれる理由」などを解説します。

 

(1) eLTAXとは何か？

eLTAX（エルタックス）とは、地方税共同機構が運営する地方税の電子申告・電子納税システムです。複数の地方自治体に対する申告や納付を、1つのシステム上で完結できるため、業務の効率化に大きく貢献します。

 

なお、eLTAXを利用した電子納税については、以下の記事もご参照ください。

eLTAXを利用した地方税を電子納税する方法を画像付きで詳しく解説！

 

(2) ダイレクト納付の仕組み

ダイレクト納付とは、eLTAXで作成した電子納税データを基に、あらかじめ登録した口座から納税額を自動で引き落とす仕組みです。

インターネットバンキングを介さず、PCdeskから手続きができるのが特徴です。

 

なお、PCdeskの使い方や導入方法等については、以下の記事もご参照ください。

地方税の電子申告・電子納税に必須！PCdeskの使い方と導入方法を徹底解説！

 

(3) なぜダイレクト納付が選ばれるのか？

なぜダイレクト納付が選ばれる主な理由は次の通りです。

✓納付書の作成や持参が不要 ✓ミスや納付漏れを防止できる ✓納税手続きの簡略化

 

このようなメリットから、経理の負担軽減を目指す中小企業において、積極的に導入が進んでいます。

 

 

2．ダイレクト納付を始めるための準備と流れ【法人・個人共通】

ダイレクト納付を行うには、以下の通り、いくつかの準備が必要です。

 

(1) 登録に必要な前提条件

登録に必要な前提条件は次の通りです。

✓eLTAXの利用者IDの取得 ✓PCdesk（WEB版またはDL版）の利用環境の整備 ✓引き落とし口座の金融機関がダイレクト納付に対応していること

 

なお、都市銀行や各地方銀行、信用金庫・信用組合については、多くの金融機関がダイレクト納付に対応していますが、2025年7月時点でダイレクト納付に対応しているネット銀行は、「GMOあおぞらネット銀行」と「住信SBIネット銀行」のみです。その他のネット銀行（楽天銀行やPayPay銀行など）は、現時点ではダイレクト納付に非対応です。

 

(2) ダイレクト納付口座の登録手順

ダイレクト納付口座の主な登録手順は次の通りです。

✓PCdeskにログイン ✓「ダイレクト納付口座登録」メニューを選択 ✓金融機関・口座番号・名義人などを入力 ✓登録申請の送信 ✓金融機関からの確認（1週間〜２週間程度） ✓ eLTAXのメッセージボックスに結果が通知されます。

 

ダイレクト納付口座を登録するためのPCdeskの入力方法等は後述します。

 

 

３．ダイレクト納付口座を登録するためのPCdeskの入力方法

ダイレクト納付口座を登録するためには、PCdesk（WEB版）で以下のような入力を行います。

なお、口座情報の登録は、PCdesk（WEB版）・PCdesk（DL版）のどちらからでもできますが、入力方法は大きく異なるところはありません。

 

(1) 口座情報の登録

PCdesk（WEB版）にログインして、以下のように口座情報を登録します。

 

①「メインメニュー」画面で「納税に関する手続き」をクリックし、表示された「納税メニュー」画面から「口座情報の登録」をクリックします。

 

②規約の内容を確認し、問題がなければ「同意する」をクリックします。

 

③ダイレクト方式で納付手続きを行う場合に使用する口座に関する情報や、口座開設時に金融機関に届けた住所等の情報を入力し、「次へ」をクリックします。

なお、ダイレクト納付に対応している金融機関等の情報は次のeLTAXサイトで確認できます。

https://www.eltax.lta.go.jp/kyoutsuunouzei/kinyukikan/

 

「利用者情報を転記」をクリックすると、登録されている利用者情報に基づき、法人の場合は「郵便番号」から 「法人名称」、個人の場合は「郵便番号」から「氏名」までが画面に転記されるため、入力の手間を省くことができ便利です。

 

④入力した口座情報を確認し、「次へ」をクリックし、口座情報の仮登録をします。

 

(2) 口座振替依頼書の印刷

①登録した口座情報の内容を確認の上、「申込用紙印刷」をクリックして、金融機関宛の宛名ラベルと地方税共同機構ダイレクト納付口座振替依頼書を印刷します。

 

②手持ちの封筒に金融機関宛の宛名ラベルを貼って、口座届出印を押印した地方税共同機構ダイレクト納付口座振替依頼書を金融機関に郵送します。

 

口座届出印の登録がないネット銀行等の場合には、届出印の押印は不要です。

また、手書きの訂正は原則できませんが、「入力文字数不足の手書き追記」や「入力禁止文字の手書き補記」等は、金融機関に相談の上、対応する必要があります。

 

(3) 審査結果の確認

金融機関で依頼書を受領し審査が終わった翌日に、eLTAXのメッセージボックスに結果が通知されます。 「依頼書」に不備がなかった場合には、当日からダイレクト納付が使用できます。

「依頼書」に不備があった場合には、不備を修正した口座情報を新たに登録し直す必要があります。

 

なお、「メインメニュー（ログイン）」画面で「納税メニュー」をクリックし、表示された「納税メニュー」画面から「口座情報の確認・変更」をクリックして、口座登録ができているか確認する方法もあります。口座情報一覧のステータスが「仮登録」から「本登録」に変わっていたらダイレクト納付を使うことができます。

 

 

４．ダイレクト納付と他の納付方法の比較

それぞれの納付方法の特徴を理解し、自社に最適な方法を選ぶことが重要です。

 

(1) 各種納付方法の特徴

各種の納付方法の特徴は次の通りです。

✓納付書払い：手作業・銀行持参が必要 ✓インターネットバンキング：振込設定に時間がかかる ✓ダイレクト納付：システムから自動引き落とし

 

(2) どの納付方法が適しているか

どのような会社・個人に、どの納付方法が適しているかの例は次の通りです。

✓経理部門が整っている会社：ダイレクト納付 ✓少額・不定期な納付：ネットバンキング ✓高齢者や紙中心の個人：納付書払い

 

(3) 納付方法別の比較表

各種の納付方法の比較表は次の通りです。

納付方法	手間	ミスのリスク	自動化	おすすめ対象
ダイレクト納付	少	少	高	中小企業・法人
ネットバンキング	中	中	中	個人事業主
納付書払い	多	高	低	高齢者・紙中心事業者

 

 

５．税理士に相談するメリットや税理士選びのポイントとは？

ダイレクト納付の導入や運用は、税理士のサポートを得ることでよりスムーズになります。

 

(1) 登録代行・運用サポートの活用

税理士はeLTAXの登録代行や運用指導にも対応しており、口座登録からトラブル対応までを任せることが可能です。

 

(2) 税理士による納税・資金繰りアドバイス

納税額の見通しや資金繰りの調整など、経営面のアドバイスを受けられるのも税理士の強みです。

 

(3) 税理士選びのポイント

税理士選びの主なポイントは次の通りです。

✓電子申告やeLTAXに精通しているか ✓自身の業種に対する支援実績があるか ✓経理DXを支援しているか

 

 

６．まとめ

以上、今回の記事では、「ダイレクト納付の仕組み」や、「口座の具体的な登録方法」、「他の納付方法との比較」などをわかりやすく解説させていただきました。

 

地方税の納付業務を効率化したいと考える中小企業や個人事業主にとって、「ダイレクト納付」は非常に有効な手段です。eLTAXを活用すれば、納付書の作成や銀行窓口への持参といった煩雑な作業を省略でき、PCdesk上で完結するため、ミスや納付漏れのリスクも大幅に軽減されます。特に、毎月の特別徴収住民税や四半期・年度末の法人税関連の納付が発生する法人にとっては、業務負担の軽減効果は絶大です。

 

また、税理士によるサポートを受けることで、登録手続きの代行はもちろん、資金繰りや税務の観点からのアドバイスを得ることも可能です。特に電子申告やeLTAXの導入支援に強い税理士をパートナーに選べば、納税業務全体のDX（デジタルトランスフォーメーション）化が一層加速します。

今後の納税手続きをよりスマートかつ確実に進めるためにも、本記事で解説したダイレクト納付の導入を、ぜひ前向きにご検討ください。税理士との連携により、制度を正しく活用し、納税の手間を大幅に削減することが可能です。

 

「江東区・中央区（日本橋）・千葉県（船橋）」を拠点とする保田会計グループでは、電子納税の導入支援を積極的に実施しておりますので、ご興味等ございましたら、お気軽にご連絡ください。